Molecular modelling and graphics

Diamond, R.

doi:10.1107/97809553602060000561

Angles

Eulerian 3.3.1.2.1, 3.3.1.2.1

Bilder 3.3.3.2.6

Bond angles 3.3.2.2.2

Chain trace 3.3.3.2.10

CHARMM 3.3.3.3.3

CHEMGRAF 3.3.3.2.1

Chem-X 3.3.3.3.4

Coherence 3.3.1.5.6

Compound transformations 3.3.1.3.8

Condensed ring systems 3.3.2.2.1

Conformons 3.3.1.4.2

Conjugate gradient method 3.3.2.2.1

Connectivity

drawing 3.3.2.1, 3.3.2.1.2, 3.3.2.1.2

implied 3.3.2.1.2

logical 3.3.2.1, 3.3.2.1.2

structural 3.3.2.1, 3.3.2.1.1, 3.3.2.1.2

Connectivity tree 3.3.3.2.1

Coordinates

homogeneous 3.3.1.1.2, 3.3.1.2.1

screen 3.3.1.3.1, 3.3.1.3.1, 3.3.1.3.7

world 3.3.1.3.1

Data space 3.3.1.3.1, 3.3.1.3.5, 3.3.1.3.8, 3.3.1.3.8, 3.3.1.3.9

Depth cueing 3.3.1.3.7, 3.3.3.1.3

Display space 3.3.1.3.1, 3.3.1.3.5, 3.3.1.3.8, 3.3.1.3.8, 3.3.1.3.10, 3.3.1.3.11, 3.3.1.5.5

Docking 3.3.3.2.9

Domain structure 3.3.3.2.9

Drawing connectivity 3.3.2.1, 3.3.2.1.2, 3.3.2.1.2

Dynamic parallax 3.3.1.3.5, 3.3.3.2.6

Eigenvalue decomposition 3.3.2.2.1

Electrostatic properties of molecular surfaces 3.3.3.1.2

Energy minimization 3.3.2.2.3, 3.3.3.2.1, 3.3.3.3

Eulerian angles 3.3.1.2.1, 3.3.1.2.1

Four-dimensional vector 3.3.1.2.2

Frodo 3.3.3.2.7

Fused-ring systems 3.3.3.3.1, 3.3.3.3.2

GKS (Graphical Kernel System) 3.3.1.1.4

GKS-3D (Graphical Kernel System for Three Dimensions) 3.3.1.1.4

GRAMPS 3.3.3.1.4

Gram–Schmidt process 3.3.1.2.3, 3.3.2.2.1

Graphical Kernel System (GKS) 3.3.1.1.4

Graphical Kernel System for Three Dimensions (GKS-3D) 3.3.1.1.4

Graphics 3.3.1.1.1

GRIP 3.3.3.2.2

Guide 3.3.3.2.8

Hidden-line algorithms 3.3.1.5.6

Hidden-surface algorithms 3.3.1.5.6

Highlighting 3.3.1.5.5

Homogeneous coordinates 3.3.1.1.2, 3.3.1.2.1

Hybridization 3.3.3.3.1

HYDRA 3.3.3.2.9

Hydrogen bonding 3.3.3.1.8, 3.3.3.2.9, 3.3.3.3.2, 3.3.3.3.3

Hydrophobic properties of molecular surfaces 3.3.3.1.2

Implied connectivity 3.3.2.1.2

Insight 3.3.3.1.7

Insight II 3.3.3.3.4

Line drawings 3.3.1.5.2

Logical connectivity 3.3.2.1, 3.3.2.1.2

Lone pairs 3.3.3.3.1

MACCS 3.3.3.3.4

MDKINO 3.3.3.1.9

MIDAS 3.3.3.1.6

MM2/MMP2 3.3.3.3.1

MMS-X 3.3.3.2.4

Molbuild 3.3.3.3.1

Molecular dynamics 3.3.3.2.10, 3.3.3.3.3

Molecular mechanics 3.3.2.2.3

Molecular modelling 3.3.1.1.1

Molecular surfaces, hydrophobic and electrostatic properties of 3.3.3.1.2

Multidimensional structure 3.3.2.2.3

O 3.3.3.2.10

ORTEP 3.3.3.1.1

Orthogonal matrices 3.3.1.2

Orthographic projection 3.3.1.3.5, 3.3.1.3.5

Perspective 3.3.1.3.5, 3.3.1.3.5, 3.3.1.3.5

PHIGS (Programmers' Hierarchical Interactive Graphics System) 3.3.1.1.4

Picture space 3.3.1.3.1, 3.3.1.3.7, 3.3.1.5.5, 3.3.1.5.5

Pixel 3.3.1.5.1

PLUTO 3.3.3.1.8

Potential-energy minima 3.3.2.2.3

Programmers' Hierarchical Interactive Graphics System (PHIGS) 3.3.1.1.4

Projection(s)

orthographic 3.3.1.3.5, 3.3.1.3.5

PRXBLD 3.3.3.3.1

Pseudorotation 3.3.2.2.1

Raster-graphics devices 3.3.1.5.1, 3.3.1.5.3, 3.3.1.5.5

Representation of surfaces

by dots 3.3.1.5.4

by lines 3.3.1.5.3

by shading 3.3.1.5.5

Rigid-body superposition 3.3.1.2.2

Rings 3.3.3.3.1

Ring systems

condensed 3.3.2.2.1

fused 3.3.3.3.1, 3.3.3.3.2

Rotation 3.3.1.3.3, 3.3.1.3.8

Rotation matrix 3.3.1.2

Rotation vector 3.3.1.2.1, 3.3.1.2.1

Scale 3.3.1.3.4

Screen coordinates 3.3.1.3.1, 3.3.1.3.1, 3.3.1.3.7

Script 3.3.3.3.2

SECS 3.3.3.3.1

Shadows 3.3.1.5.5

Sliding filter 3.3.2.2.1

Spiro links 3.3.3.3.1

Stacked transformations 3.3.1.4.2

Stereoviews 3.3.1.3.6

Structural connectivity 3.3.2.1, 3.3.2.1.1, 3.3.2.1.2

Subspace sectioning 3.3.2.2.1, 3.3.3.2.6

Surfaces

representation by dots 3.3.1.5.4

representation by lines 3.3.1.5.3

representation by shading 3.3.1.5.5

van der Waals 3.3.1.5.4, 3.3.3.1.6

Sybyl 3.3.3.3.4

Symmetry 3.3.1.3.12

Transformations

compound 3.3.1.3.8

stacked 3.3.1.4.2

viewing 3.3.1.3.1, 3.3.1.3.5, 3.3.1.3.8, 3.3.1.3.9, 3.3.1.4.2, 3.3.1.4.2

viewport 3.3.1.3.1, 3.3.1.3.7

windowing 3.3.1.3.1, 3.3.1.3.5

Translation 3.3.1.3.2, 3.3.1.3.8

van der Waals surfaces 3.3.1.5.4, 3.3.3.1.6

Vector machines 3.3.1.5.1

Vectors

four-dimensional 3.3.1.2.2

rotation 3.3.1.2.1, 3.3.1.2.1

Viewing transformation 3.3.1.3.1, 3.3.1.3.5, 3.3.1.3.8, 3.3.1.3.9, 3.3.1.4.2, 3.3.1.4.2

Viewport 3.3.1.3.1, 3.3.1.3.6, 3.3.1.3.7

Viewport transformation 3.3.1.3.1, 3.3.1.3.7

Window 3.3.1.3.1, 3.3.1.3.7, 3.3.1.5.5

Windowing 3.3.1.3.5, 3.3.1.3.5

Windowing transformation 3.3.1.3.1, 3.3.1.3.5

World coordinates 3.3.1.3.1

z buffer 3.3.1.5.5

Chapter 3.3. Molecular modelling and graphics

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